「支払先マスタ」に登録している事業者登録番号を伝票の印刷時に表示することはできるか知りたい

いいえ、できません。

「申請時に印刷」や申請後に伝票を開いた際の「印刷」にて表示される帳票画面にヘッダに表示させた事業者登録番号（「支払先マスタ」の情報）は表示されません。