1枚のインボイスで費用負担部門を分けるのは問題がないか知りたい

従来通り、按分して問題ないものと考えます。

インボイスの消費税と仕訳の消費税が一致しなくなる可能性を懸念されているかと存じますが、仕入税額の計算について請求書等積上げ方式と帳簿積上げ方式は併用可能です。

そのため、そもそも記帳される消費税額とインボイスに記載されている消費税額が一致している必要はありません。

これは、負担部門や勘定科目ごとに１請求書に含まれる費用を細分化した時なども同様です。過去の税務通信のバックナンバーなどでも、仕入税額の帳簿積上げ計算をする上で発生する端数のズレや、部門ごとで按分した場合のズレは許容される旨が示されています。

従来の運用と同様の処理を行い、帳簿上で計算された消費税額を正しく積上げられているのであれば、端数についてはそのまま処理するという運用も可能かと存じます。
なお、法制度に関する内容のため、管轄の税務署や税理士へもご確認ください。

参考：「読者限定特別企画　LIVE座談会　財務省担当官に聞く！ インボイス制度の疑問点＜第2回＞」、『週刊税務通信』、3714号、2022年8月1日発刊

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