「申請データ取込」で明細情報を取り込んだ場合に、すでに入力されている明細情報の上書き／修正はできるか知りたい

いいえ、できません。

「申請データ取込」は新規で明細を作成する際に利用できます。
「申請データ取込」を利用して、すでに登録済みの明細内容を上書き／修正することはできません。
※すでに登録がある明細の修正内容を「申請データ取込」で取り込んだ場合、新しい明細情報として追加されます。

（記事ID：2019）