部門マスタの並び順番を変えられるか知りたい

いいえ、できません。

申請画面で部門を選択する際は、部門コードの昇順で表示されます。
なお、選択方式を「一覧表示」にしている場合は、コードまたは名称の項目で、
昇順／降順の切り替えが可能です。

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（記事ID：2515）