「社員マスタ」で退職にした社員はライセンス（ユーザー数）にカウントされるか知りたい

いいえ、カウントされません。
ライセンスとしてカウントされるのは「在職」の社員となります。

※「管理」タブ >「会社設定」の「ライセンス情報」に記載されている母数（右側）の数字が、現在ご契約いただいているライセンス数（課金対象数）です。

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